Foi no início do século XX, numa propriedade rural localizada na Várzea de Santo Antônio que teve início uma pequena povoação às margens do riacho Caatinga, Região Oeste do Estado, e recebeu o nome de Várzea da Caatinga. Em 1925 a localidade já apresentava sinais de crescimento, e em 1935 a comunidade ganhava sua primeira escola.
Em 19 de dezembro de 1963, através da Lei nº 3.001, o povoado conseguiu sua emancipação política, desmembrou-se de Almino Afonso e tornou-se município com o nome de Rafael Godeiro, numa homenagem póstuma ao líder político da região, homem de destaque em todo o Estado.
O início de sua trajetória histórica teve forte influência religiosa, pois em 1892, no sítio Várzea da Caatinga, teve início a Comissão de Veneração ao Glorioso Santo Antônio sob a presidência da senhora Joana Alexandrina da Silva ( ? /1923 ), com seu falecimento, a missão de propagar a devoção ao santo, ficou a cargo de seus filhos, Antônio Tomaz de Paiva e Raimunda Mercês da Silva, com a morte desta, sua irmã Francisca Maria da Conceição uni-se aos demais membros da Comissão idealizam a construção de uma capela no referido sítio.
De 1930 a 1941, a comunidade e adjacências se empenharam na elaboração do projeto de construção de uma Capela no sítio Várzea da Caatinga, cujo plano foi entregue ao então vigário coadjtor da Paróquia o Pe. Humberto e ao Prefeito de Patu Rafael Godeiro (que mais tarde transformaria o sítio em distrito) que o acatou prontamente. Logo começaram a serem celebradas missas em ação de graças nas residências de José Paulo de Oliveira e Alexandrino Bertoldo e outros que habitavam aquele núcleo.
Neste mesmo ano 1941, Rafael Godeiro e D. Maria Lina conseguiram, através do padre da Paróquia Pe. Frederico Pastors que fosse celebrada missa trimestralmente no povoado, Antônio Tomaz se encarregava da propagação da fé cristã e articulava o movimento em prol da construção da capela, havendo missa onde foi realizada uma coleta cujo rendimento foi suficiente para comprar tijolos e telhas para a construção.
Em 1947, o senhor José Paulo de Oliveira, era um rapaz solteiro que morava onde hoje é a residência de Valdete Mariano, fez doação do terreno que constituiu o patrimônio de Santo Antônio, a doação se deu porque ele não tinha herdeiros e com isso, após a morte do proprietário, o governo se apossaria do bem. O ato foi totalmente legalizado por meio de Escritura Pública de Cessão de Herança por meio do Outorgante Cedente e o Outorgado Cessionário, o Glorioso Santo Antônio representado pelo Padre Agostinho Bohlen, assinado em público no primeiro Cartório Judiciário do Sr. Raimundo Antenor da Silva, no dia 19 de janeiro de 1948 na cidade de Patu/RN, diante do ato, o mesmo foi abençoado pelo Bispo de Mossoró D. João Costa.
Com a presença do Prefeito Rafael Godeiro foi lançada a pedra fundamental no local onde seria construída a Capela do povoado e ali se ergueu um cruzeiro como símbolo de posse por parte da comunidade religiosa, em 1948 o vigário de Patu Pe. Agostinho Bohlen celebrava missa no dia 13 de outubro, no ano seguinte 49, iniciava-se as Trezenas de Santo Antônio, sendo encerrada com uma missa no dia 14 de junho e após a celebração litúrgica houve uma festa e um animadíssimo leilão em benefício da construção, também sob a presidência do Pe. Agostinho Bohlen, passou a acontecer missa mensalmente na terceira sexta-feira do mês, enquanto se concluía a construção da capela (1948, 1949, 1950), as missas eram celebradas no grupo escolar ou em barracas cobertas com palhas de coqueiro, e uma das maiores barracas ficavam em frente à casa de Francisco Raimundo.
Foram grandes colaboradores na aquisição de donativos para a construção da capela, Antônio Tomaz, Francisco Raimundo (Chico Raimundo), Alexandrino Bertoldo, Petronilo Augusto e Dona Josefa Theodora de Paiva que promovia leilões em sua própria residência e doava tudo que arrecadava para o citado serviço, Joaquim Menezes além de angariar recursos era quem efetuava a pagamento aos trabalhadores, a obra foi executada pelos pedreiros Firmino Alves Brilhante de Alencar e José Bento da Silva (José Pequeno) renomados em construções de igrejas nesta região, os serventes foram: Alexandrino Ferreira de Lima, José Bertoldo, Antônio Tomaz, ,Joaquim de Paiva Menezes e Francisco Bertoldo de Lima.
Em janeiro de 1951 foi terminada a cobertura da capela de Santo Antônio dos Pobres, sendo a 1ª Missa celebrada no dia 23 de fevereiro deste mesmo ano pelo Reverendíssimo Pe. Agostinho Bohlen, a Comissão executiva local estava presente além de muitos fieis.
Em 1950 foi celebrada a primeira missa do Natal no Mercado Público, construído entre 1947/1951 tendo início as Feiras Livres aos domingos no Distrito de Várzea da Caatinga que mais tarde foi denominado Várzea de Santo Antônio por sugestão do Pe. Agostinho Bohlen, depois por um Projeto apresentado na Assembleia de autoria do Deputado Estadual Aderson Dutra e da Lei nº 3.001 de 19/12/1963 sancionada pelo Governador Aluízio Alves (1961-1966), passou a ser chamado de Rafael Godeiro em homenagem ao prefeito de Patu que criou o Distrito. Sua instalação de deu no dia 15 de abril de 1964, sendo seu 1º Prefeito o Sr. Luis Elias de Oliveira nomeado interinamente por ato do governador através da Lei Estadual n 3.625 de 03 de Junho de 1968.
Em 1964, foi realizada a maior festa do Padroeiro Santo Antônio com barracas intituladas: RUBI e ESMERALDA que era dividida ao meio e competiam entre si.
Inaugurada a capela, a comunidade passou a celebrar além das missas, as novenas de maio, as trezenas de junho, os encontros de catequese como também foram criadas irmandades dentre elas, a Liga Mariana que pertencia a Patu e a Associação de Santa Terezinha (ambas já extintas), o Apostolado da Oração fundado em 1971 sob a presidência da senhora Josefa Theodora de Paiva, com o falecimento desta, assume a presidência a Senhora Luzia Nascimento de Paiva que faleceu em 2004 deixando-o a cargo da senhora Maria Eurides de Paiva Brasil que assume atualmente o supracitado cargo.
Em 1981, foi fundada o Presidium Arca da Aliança da Legião de Maria sob a presidência de Rosa Amélia Amaral de Paiva e Maria Eurides de Paiva Brasil e outras legionárias que até hoje estão à frente da irmandade. Em 18 de setembro de 1997 foi fundado também o Grupo de Adoração ao Santíssimo Sacramento tendo como presidente o senhor Raimundo Capitulino (Raimundinho) ministro da eucaristia.
Hoje, além das celebrações eucarísticas e sacramentais, também funcionam os grupos de Evangelização e as Pastorais Catequéticas (do Batismo, Primeira Eucaristia e Crisma) e as Pastorais do Dízimo e da Criança, além de Movimentos e Serviços que concerne a Catequese da Primeira Eucaristia, Catequese do Crisma, Adoração ao Santíssimo Sacramento, Legião de Maria, Apostolado da Oração, Terço dos Homens/Mulheres da mãe Rainha e Grupo de Jovens.
Entre fatos religiosos marcantes de nossa comunidade, destacam-se as ordenações presbiteriais de nossos conterrâneos:
Antônio Araújo de Oliveira Neto (19 de junho de 1994)
Paulo de Paiva Brasil (08 de junho de 1996)
João Crisóstomo de Paiva (16 de fevereiro de 2002)
Como também merecem destaque as freiras Fernanda e Assunção ambas da família Paiva desta comunidade.
Em 1963, foi fundado por Pedro de Paiva e Doralice Carlos, o Cartório Único de Rafael Godeiro, ambos moravam na zona rural e mudaram-se para a cidade em 1979, Doralice foi afastada do cargo por motivos políticos e teve como substituta a Sra. Rasa Amélia Amaral de Paiva que na mesma época trabalhava na escola.
Na sede. Os principais proprietários de terrenos eram:
José Bertoldo Ferreira de Lima (90% do total)
Pedro Paulo Alexandrino de Lima
Benedito Julião de Medeiros
Pertencia também a família de José Bertoldo F. de Lima (Zé Bertoldo), uma casa que tinha como anexo a Casa de Farinha, onde atualmente é a residência da senhora Dalva (neta de seu José) existindo ainda algumas peças que lá estão abandonadas e sem utilidade, construída a mais de 120 anos pelo seu primeiro morador o Sr. Manoel Mariano (O Velho), é a primeira casa do município a possuir um sótão.
Na época da farinhada as famílias vinham para a moenda de mandioca e lhes pagava com certa porcentagem dos produtos.